تقع الجامعة في طرف مدينة المكلا من الجهة الغربية، في منطقة نور الهدى في حي ابن سينا، ويجاورهما عدد من المرافق والمنشآت التابعة للجامعة. وتأتي فكرة تأسيس الجامعة مستندة إلى منهج مدرسة علماء حضرموت، والتي كان ولا يزال لها الأثر والدور الكبير في العالم الإسلامي أجمع.
إن جامعة الإمام الشافعي هي امتداد لجهود دعوية سابقة من قبل مؤسسها، متمثلة في تخريج طلبة علم يحملون همَّ الدعوة ونشر العلم والدين على طريقة أهل السنة والجماعة، وهو ابتداء - بإذن الله - لجهود دعوية لاحقة في تخريج الدعاة والعلماء العاملين، متسلحين بحصيلة علمية وافرة ومتحلين بمحاسن الأخلاق ومكارمها، ليكونوا أعلاماً للهدى ونشر الدين الحنيف ومنهج أهل السنة والجماعة في كافة البقاع.
إن جامعة الإمام الشافعي مع اعتنائها بالجانب العلمي إلا أن دورها أكبر من كونها مؤسسة علمية فقط، فهي أيضاً مؤسسة اجتماعية ودعوية وتربوية، متفاعلة مع كافة فئات المجتمع على اختلاف أحوالهم، ومختلف اهتماماتهم. فرسالة الجامعة موجهة للعلماء وطلاب العلم والعامة.
وهي جامعة غير ربحية لا تتحصل على رسوم من الطلاب لقاء الدراسة والسكن والتغذية اللذين لا بدَّ منهما ليتمكن الطالب من تلقي العلوم والآداب. وكانت النواة الأولى لتكوين جامعة الإمام الشافعي هو تأسيس كلية الإمام الشافعي في عام 1433هـ على يد فضيلة العلامة الشيخ د.محمد بن علي باعطية حفظه الله، وهي منبثقة عن رباط الإمام الشافعي للعلوم الشرعية. إذ استمرت الجهود المتواصلة من القائمين على الكلية في تخريج الطلاب وتحقيق الأهداف المرسومة والتي منها توسيع دائرة النفع والخدمة للمجتمع من خلال افتتاح كليات أخرى تمس الحاجة إليها وتأسيس جامعة الإمام الشافعي، إذ سعوا لتحقيق ذلك من خلال ما يأتي:
وبتوفيق من المولى عز وجل فقد صدر قرار وزارة التعليم العالي والبحث العلمي رقم (4) لسنة 2020م الموافقة على تحويل كلية الإمام الشافعي إلى جامعة الإمام الشافعي.
